Վոլոգդան գտնվում է համանուն գետի աջ ափին, որը հնագույն ջրուղի է, որը այս քաղաքը Սուխոնա և Շեքսնա գետերի ավազանների միջոցով կապում էր Արխանգելսկի հետ:
Պատմական աղբյուրներում քաղաքն առաջին անգամ հիշատակվել է XII դարում: 15 -րդ դարում Վոլոգդային կառավարում էր Վելիկի Նովգորոդը: 1462 թվականից քսան տարի շարունակ Վոլոգդան ապապանատուրական իշխանության կենտրոնն էր, սակայն 1481 թվականից այն ընկավ Մոսկվայի իշխանության տիրապետության տակ, որի տիրակալն այն ժամանակ Իվան III- ն էր:
1565 թվականին Իվան Ահեղը որոշեց իր երկրորդ օֆրիչնինայի նստավայրը հիմնել Վոլոգդայում: Նա ցանկանում էր այստեղ կառուցել քարե Կրեմլ եւ ամրոց: Հազարավոր արհեստավորներ և գյուղացիներ հովվվեցին Վոլոգդա, և շինարարությունը ղեկավարեց անգլիացի ինժեներ Հ. Լոկը: Նախագծում Կրեմլը ուղղանկյուն էր: Հյուսիսային կողմից այն պաշտպանված էր Վոլոգդա գետով, իսկ երկու կողմից փորվել էր ջրով խրամատ: Բայց 1571 թվականին theրիմի խանի արշավանքը և Վոլոգդայում սկսված ժանտախտը Իվան IV- ին ստիպեցին վերադառնալ Մոսկվա: Թագավորի հեռանալով շինարարությունը դադարեց:
Լուրջ ամրությունների բացակայության պատճառով Վոլոգդան մեծապես տուժեց լեհ-լիտվական բանակի ներխուժումից 1612 թ. Բայց քաղաքը արագ վերակառուցվեց և նույնիսկ գերազանցեց իր նախկին չափը: 17 -րդ դարի վերջին Վոլոգդայի պատմական կենտրոնը բաղկացած էր չորս մասից ՝ քաղաքից, Վերխնի Պոսադից, Նիժնի Պոսադից և areարեչյեից: Այնուամենայնիվ, 18 -րդ դարի սկզբին Սանկտ Պետերբուրգի հիմնադրման և Բալթիկ ծովում առևտրի զարգացման պատճառով Վոլոգդայի տնտեսական դիրքը որոշ չափով թուլացավ:
1708 թվականին Վոլոգդան ընդգրկվեց Արխանգելսկի շրջանի կազմում: Բայց արդեն 1719 թվականին քաղաքը դարձավ Վոլոգդայի նահանգի կենտրոնը, իսկ 1796 թվականին ՝ Վոլոգդայի նահանգի կենտրոնը, որը գոյություն ուներ մինչև 1929 թվականը:
19 -րդ դարում քաղաքը դարձավ քաղաքական աքսորի վայր մտավորականության բազմաթիվ ներկայացուցիչների համար: 1918 թվականին Վոլոգդան 5 ամիս խաղաց Ռուսաստանի «դիվանագիտական մայրաքաղաքի» դերը: Բրեստի խաղաղության պայմանագրի կնքումից հետո ժամանակավորապես այստեղ են տեղափոխվել 11 խոշոր պետությունների դեսպանություններ և առաքելություններ, մասնավորապես ՝ ԱՄՆ, Մեծ Բրիտանիա, Ֆրանսիա, Japanապոնիա, Չինաստան, Բրազիլիա և այլն:
Այժմ Վոլոգդան հայտնի զբոսաշրջային կենտրոն է, որին այցելում են ինչպես ռուսները, այնպես էլ օտարերկրյա զբոսաշրջիկները:
